全自動核酸檢測一體機適用于分子生物學、醫學、食品工業、司法科學、生物技術、環境科學、微生物學、臨床診斷、流行病學、遺傳學、基因芯片、基因檢測、基因克隆、基因表達等領域以聚合酶鏈式反應為特征的、以檢測DNA／RNA為目的的各種病原體檢測及基因分析。
把一次性pcr擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度），通常12種溫度梯度，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。因為被擴增的不同DNA片段，其適合退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增，就可以篩選出表達量高的適合退火溫度，進行有效的擴增。
全自動核酸檢測一體機在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統。熒光檢測系統主要包括激發光源和檢測器。激發光源有鹵鎢燈光源、氬離子激光器、發光二極管LED光源，前者可配多色濾光鏡實現不同激發波長，而單色發光二極管LED價格低、能耗少、壽命長，不過因為是單色，需要不同的LED才能更好地實現不同激發波長。
PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統得出量化的實時結果輸出。把這基因擴增儀叫做實時熒光定量PCR儀。
對于熒光定量基因擴增儀，當有熒光污染出現，而且這一污染并非來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。
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