8．哪些技術需要進行重復實驗，以及具體采用生物學重復還是技術重復來完成？

      Label free需要進行三次重復，而iTRAQ、TMT一般建議做3次實驗重復，如果實驗方案后期設計了大量的驗證實驗如WB或ELISA等，最好做也能做兩次重復；如果不進行重復實驗后期的驗證實驗也少，在后期發表文章的時候結果可能會受到一些審稿人的質疑，從而影響文章的發表，特別是一些高分雜志較為突出，對于立志于發表高水平文章的研究人員建議最好進行重復實驗設計。如果是進行技術重復，各實驗結果之間的數據重復性會更好，而生物學重復由于多種原因可能導致重復性與偏差或者不好，一般情況下Label free最好使用技術重復，這樣有利于后續數據的分析，而其他是實驗可以采用生物學重復或者技術重復。代謝組根據樣品的不同選擇合適的數量進行生物學重復。

9．如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關的蛋白，挑選什么樣的蛋白來進行后期的驗證實驗？

     需要研究人員根據自己研究的相關生物學背景，再結合生物信息學分析的結果，以及查看相關的文獻資料來確認哪些蛋白可以用于后續深入的研究。

10．樣品寄送過程，哪些需要低溫？哪些需要干冰？哪些常溫就可以？

      細胞、組織、蛋白溶液、菌體等樣品最好采用干冰運輸，對于SDS-PAGE條帶和2D點以及酶解好的肽段樣品直接常溫運輸即可。可以理解為需要提取蛋白或提取好的蛋白樣品（易降解）都需要低溫運輸，而處于凝膠中的蛋白或者是酶解好的肽段可常溫運輸。

11．哪些樣品需要去除高豐度蛋白？怎么去除？

（1）一般情況下，血清、血漿樣品中都會存在高豐度蛋白（白蛋白等免疫蛋白），如果客戶是此類樣品，需提前跟客戶溝通好，一定需要去除高豐度蛋白；目前有成熟的試劑盒可以去除血清中的高豐度蛋白。

（2）體液樣品，細胞培養液等樣品，出現高豐度蛋白的情況也比較高，這類樣品，如果出現高豐度蛋白，需要先通過質譜鑒定是否是常見免疫蛋白，然后再采用高豐度蛋白去除試劑盒進行去除。

（3）其他樣品存在高豐度的情況不常見，如在實驗過程中發現高豐度蛋白，解決方案如上。其他樣品可能會出現鑒定出來的高豐度蛋白沒有合適的試劑盒可以去除，這時候需要跟客戶提前告知風險。

12．蛋白質組結果一般需要做哪些方面的生物信息學分析？

       目前一般文獻中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質功能分析（GO分類為主）、蛋白質所屬代謝通路富集分析（基于KEGG的pathway）、差異蛋白互作網絡構建、轉錄因子預測等方面。

       其它一些比較特異的高級分析包括多組數據關聯分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預測分析、互作網絡及生物調控模型構建分析。