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SIM Bridge：SIM Bridge 工具允許將從其它源導出的 SIM 方法轉換為 TSQ 9000 系統方法。這些 SIM 方法可立即在 TSQ 9000 系統上運行，或通過 AutoSRM 將 SIM 信息轉換為功能強大的 SRM 方法。

AutoSRM：AutoSRM 是您專屬的系統集成質譜方法開發專家。該軟件以非常簡單高效的工作流程指引您開發出優化的 SIM 目標離子或 SRM 離子對。如果您希望從當前的 SIM 方法進行開發，SIM Bridge 可通過導入方法詳細信息來簡化工作流程。總之，系統具備完整的 MS 和 MS/MS 方法開發獨立性，即使對于經驗較少的用戶也是如此。

Timed-SRM 方法：隨著更多化合物被添加到單次運行方法中，管理采集窗口變得越來越復雜。TSQ 9000 系統通過自動優化特定化合物的目標離子顯著降低這種復雜性。只需簡單輸入保留時間和采集窗口，t-SRM 就會負責其余工作。確保達到化合物檢測的條件以獲得大靈敏度，并且可以將更多的化合物添加到該方法中，而不會損失每種分析物的優異靈敏度。在這些化合物沒有洗脫時，質譜儀不損耗任何有價值的離子源掃描。

保留時間校準（RTA）技術：新型 RTA 工具是一種更快、更靈活、更簡單的方法，可在日常進行高通量 GC-MS 分析時維持保留時間穩定。該工具使用測量的色譜柱死時間和參比物質的保留時間來提供新的色譜柱長度和內徑參數（或校正的壓力或流量值），以重新校準色譜圖所有峰的保留時間。 這意味著在更換或切割色譜柱時，用戶可以快速調整其保留時間并反饋到采集結果。

SmartTune：SmartTune 是用于 Thermo Scientific ISQ 和 TSQ 儀器的新型簡化調諧工具。這種直觀的工具可使調諧不再復雜，并確保您的系統在運行樣品之前達到您所需的性能狀態。簡單的操作界面可以進行有效的檢查和調諧，智能地省略過程中的任何不必要步驟，從而實現更快的調諧操作。如果檢查發現了問題，SmartTune 會向您推薦糾正措施。此外，SmartTune 允許用戶定制目標，以保證分析序列之間的性能一致性。