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（1） 根據分子大小不同的分離方法：透析和超過濾（利用蛋白質分子不能通過半透膜的性質）；密度梯度離心（蛋白質在介質中離心時質量和密度較大的顆粒沉降較快）；凝膠過濾（一種柱層析）
（2） 利用溶解度差別分離：等電點沉淀法（由于蛋白質分子在等電點時凈電荷為零，減少了分子間靜電斥力，因而容易聚集沉淀，此時溶解度小）；鹽溶與鹽析（利用一定濃度鹽溶液增大或減小蛋白質的溶解度）
（3） 根據電荷不同的分離方法，主要包括電泳和離子交換層析分離；
（4） 蛋白質的選擇吸附分離（利用顆粒吸附力的強弱不同達到分離目的）
（5） 根據配體特性的分離——親和層析（利用蛋白質分子與另一種稱為配體的分子能夠特異而非共價地結合這一生物性質）
(6)　低溫有機溶劑沉淀法: 用與水可混溶的有機溶劑，甲醇，乙醇或丙酮，可使多數蛋白質溶解度降低并析出，此法分辨力比鹽析高，但蛋白質較易變性，應在低溫下進行。