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在二手熱循環儀PCR儀設計基礎上增加熒光信號激發和采集系統和計算機分析處理系統，形成了具有熒光定量PCR功能的儀器。其PCR擴增原理和普通PCR擴增原理相同，二手熱循環儀PCR儀時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統，得出量化的實時結果輸出。
二手熱循環儀PCR儀有單通道，雙通道和多通道之分。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道；有多種熒光標記的時候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實現一次檢測多種目的基因的功能。
實時熒光定量PCR儀主要應用于臨床醫學檢測、生物醫藥研發、食品行業、科研院校等。
在二手熱循環儀PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，就成了熒光定量PCR儀。其PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統得出量化的實時結果輸出。把這PCR儀叫做實時二手熱循環儀PCR儀(qPCR儀)。熒光定量PCR儀有單通道，雙通道，和多通道。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記的目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。該儀器主要用于醫學臨床檢測，生物醫藥研發，食品行業，科研院校等機構。
把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的二手熱循環儀PCR儀，叫傳統的PCR儀，也叫普通PCR儀。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。該儀器主要應用于科研研究，教學，醫學臨床，檢驗檢疫等機構。
把一次性二手熱循環儀PCR儀R擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度），通常有12種溫度梯度，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。因為被擴增的不同DNA片段，其zui適退火溫度是不同的，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性二手熱循環儀PCR儀擴增，就可以篩選出表達量高的zui適退火溫度，進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節約成本的同時也節約了時間。主要用于科研，教學機構。梯度PCR儀，在不設置梯度的情況下也可以做普通PCR擴增。具有雙槽梯度的不多，領成具備此功能。
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