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如何快速找出miRNA相關的信號通路?

來源:上海申知心生物科技有限公司   2017年11月16日 18:04  

那天突然有人問我,miRNA是不是能做出那種network的網絡圖,就跟那種文章里一樣?

其實我自己也忘了到底應該怎么整了,簡單點的話,就自己去搜搜看miRNA怎么樣對應基因做成列表就行了吧。但是負責任的我,還是搜到了一些miRNA分析的工具。

對,就是上面這個工具,可以分析單個基因或者多個基因對單個miRNA和多個miRNA,實際上跟形成network圖沒什么關系。只是覺得這個做出來的東西,還蠻有意思的。我們可以搜多個miRNA與多個基因間的關系:

然后,它就會生成這么一個特別草率的二型網絡圖……

點擊里面的miRNA這邊的方塊,就能顯示miRNA分別對于各個靶基因的關系:

嗯,邊上還有一個kegg的圖標,這個是給你做好的這些靶基因位于哪些信號通路的結果,點一下就會顯示:

有這個基因所在的信號通路的位置,包含了它能結合的miRNA結合位點……可以直觀地看看miRNA到底作用在什么信號套路上。

當然,對于基因,也有相應的描述,比如,這個基因到底有多少個剪接異構本:

分別是哪些剪接異構本能結合你搜的這個miRNA:

可能你也沒考慮過不同的剪接異構本,受到的miRNA的調控不一樣吧……

 

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