色譜柱峰形發生改變、色譜峰分叉、出現肩峰、保留時間漂移、分離度變化或背壓升高，都表明色譜柱被污染了。用純有機溶劑進行沖洗以去除非極性污染物，謹慎操作以避免任何緩沖鹽的析出。如果沖洗不能解決問題，可采用以下步驟對色譜柱進行清洗和再生。
■ 使用與樣品性質和固定相類型(反相、正相或HILIC)相匹配的常規清洗方法，這有助于溶解可疑污染物。
■ 在柱溫45 °C條件下，使用20倍柱體積的溶劑沖洗色譜柱。
■ 如果使用的是反相色譜柱，依次以非極性逐漸增強的溶劑(如，水到甲醇到四氫呋喃*到二氯甲烷*)沖洗色譜柱。如果使用的是HILIC色譜柱，依次以極性逐漸增強的有機溶劑(如，乙腈到乙腈/甲醇到乙腈/水到水)沖洗色譜柱。
*注意：對于某些有機溶劑，需要注意其與系統管路與真空脫氣包的兼容性。
■ 通過逆向沖洗程序，再返回初始流動相條件。
如果確認樣品或流動相存在污染跡象，或是分析條件或樣品項目對色譜柱的損害不可避免，更好的色譜柱使用與維護方式包括如下：
■ 參考“流動相及樣品的制備及建議”部分
■ 增加清洗頻率，包括：在每個分析梯度末端增加“清洗步驟”，或是，一定的進樣針數后進行較為*的清洗
■ 使用保護柱，專柱，并定期更換(當柱壓增加10%，或柱效下降10%時)反相與HILIC色譜柱的保存
如需將色譜柱放置超過四天，應將其保存于100%乙腈中。對于高溫條件下的分離，應在使用后立即保存于100%乙腈中，切勿將色譜柱保存于緩沖液中。如果流動相中含有緩沖鹽，則先用10倍柱體積95%純水沖洗色譜柱用以*清除柱內的鹽成分，再用10倍柱體積的乙腈沖洗柱。將色譜柱*密封，防止溶劑蒸發而導致柱床變干。