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在液相色譜儀分析檢測過程中，對高性價比液相色譜系統溫度的設定及控制要求都相當高，對于色譜柱及檢測器都要求能準確地控制工作環境溫度，一般而言，色譜柱的恒溫精度要求在±0.1~0.5℃之間，檢測器的恒溫要求則更高。
在色譜儀分析系統中，溫度對溶劑的溶解能力、色譜柱的性能、流動相的粘度都有影響。一般來說，溫度升高，可提高溶質在流動相中的溶解度，從而降低其分配系數，但對分離選擇性影響不大；還可使流動相的粘度降低，從而改善傳質過程并降低柱壓。除此之外，溫度太高易使流動相產生氣泡，對檢測結果造成干擾。
液相色譜柱的溫度主要是由柱溫箱來控制，不同工作溫度對保留時間、相對保留時間都有影響。柱溫升高可加快分離過程，但因樣品保留時間不穩將增加檢測工作的麻煩，分辨率也可能下降；相反，當柱溫低時，分辨率提高，但分離過程時間會加長，因為在溫度低的情況下，流動相黏度增加會延長檢測時間，增加泵的磨損，同時，溶解度相對下降會出現緩沖鹽結晶而堵塞泵、進樣閥、管道、色譜柱的現象，雜質吸附在填料上而難于洗脫，從而影響色譜柱的使用壽命。
不同的檢測器對溫度的敏感度不一樣。紫外檢測器一般在溫度波動超過±0.5℃時，就會造成基線漂移起伏。示差折光檢測器的靈敏度和小檢出量常取決于溫度控制精度，因此需控制在±0.001℃左右，微吸附熱檢測器也要求在±0.001℃以內。
總的說來，高性價比液相色譜系統分析檢測中，柱溫對分離的影響并不顯著，通常實驗在室溫下進行操作。在液固色譜中有時將極性物質（如緩沖劑）加入流動相中以調節其分配系數，這時溫度對保留值的影響很大。
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