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柱壓高
⑴緩沖液鹽分如(乙酸銨等)沉積于柱內;
⑵樣品污染沉積。處理對于第一種情況先用40～50℃的純水，低速正向沖洗柱子，待柱壓逐漸下降后，相應提高流速沖洗，柱壓大幅度下降后，用常溫純水沖洗，之后用純甲醇沖洗柱子30分鐘;對于第二種情況，由樣品的沉積引起污染的C18柱，和純水反向沖洗柱子，換成甲醇沖洗，接著用甲醇+異丙醇(4+6)沖洗柱子，再用換成甲醇沖洗，然后用純水沖洗，后甲醇沖洗正向沖洗柱子30分鐘以上。
無指示
⑴泵密封墊圈磨損;
⑵大量氣泡進入泵體。處理對于第一種情況，更換密封墊圈;對于第二種情況，在泵作用的同時，用一個50ml的玻璃針筒在泵的出口處幫助抽出空氣。
不穩定
原因系統中有空氣或者單向閥的寶石球和閥座之間夾有異物，使得兩者不能密封。處理工作中注意觀察流動相的量，保證不銹鋼濾器沉入儲液器瓶底，避免吸入空氣，流動相要充分脫氣。如為單向閥和閥座之間夾有異物，拆下單向閥，放入盛有丙酮的燒杯用超聲波清洗。液相色譜柱的故障處理方法
峰分叉
⑴色譜柱被污染;
⑵柱頭填料塌陷。處理對于第一種情況，先用純水反向沖洗柱子，然后換成甲醇沖洗，接著用甲醇+異丙醇(4+6)沖洗柱子(沖洗時間的長短由樣品污染的情況而定)，再換成甲醇沖洗，然后用純水沖洗，*后甲醇沖洗正向沖洗柱子30分鐘以上。如沖洗后依然出峰不佳，則考慮第二種情況。對于第二種情況，擰開柱頭，檢查柱填料是否硬結或塌陷。去除硬結部分(污染的填料)，裝入新填料，滴一滴甲醇，填料下陷，再填，用與柱內徑相同的頂端平滑的不銹鋼桿壓緊，再填平，滴甲醇，再壓緊反復幾次，直至裝滿填平。柱頭用甲醇沖洗干凈，擦凈柱外壁的填料，擰緊柱頭,用純甲醇沖洗30分鐘以上。
重復性差
⑴進樣閥漏液;
⑵加樣針不到位。
⑶液量不足.
處理對于第一種情況更換進樣閥墊圈;對于第二種情況保證加樣針插到底，注射樣品溶液后須快速、平穩地從LOAD狀態轉換到INJECT狀態，以保證進樣量的準確。日常工作中，液相色譜儀的保養非常重要，如要注意不要讓空氣進入輸液系統和高壓泵中，儲液器內的溶液如長時間未用應清洗儲液器并更換溶液，每次用完色譜儀后緩沖液要用純水沖洗干凈，防止無機鹽析出或沉積;樣品的前處理也很重要，任何樣品都要盡可能地去除雜質，*溶解，盡量減少對色譜柱的污染，以延長色譜柱的使用壽命，同時避免注射過濃的樣品溶液，以免殘留液在進樣閥內析出固體引起堵塞;色譜柱作好標記，用于不同分析目的的色譜柱不要混用等。
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