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液相色譜在使用過程中難免會遇到各種問題，在此，我們把液相在使用過程中出現頻率高的問題稱為液相色譜的“公敵”。
氣泡，在液相色譜的使用過程中，被提及多的一個名詞，它會帶來一系列的問題，例如壓力波動、基線噪音等問題，它是早期液相色譜工作者的眼中釘、肉中刺—“*公敵”。
對于液相色譜，泵是*的，液相色譜泵的功能，是將流動相以穩定的流速通過色譜柱，對想要分析的化合物進行洗脫。對于泵，穩定性是至關重要的。如果流動相在系統里面的混合和運動過程中，有氣泡出來，問題也就接踵而至。假設泵本來應該輸出1ml/min的流動相，里面出現一點氣泡，體積就會發生變化，而且氣泡的可壓縮性很強，體積還容易忽大忽小，流速也就不準確、也不再穩定。
液相色譜儀在使用的過程中，可能會出現的故障：
1、流動相脫氣不充分；
2、流動相供給不暢；
3、流動相和貯液器被污染。
解決方案：
1)改用低流速；
2)換大孔徑的過濾器；
3)增加進液管路內徑；
4)抬高或加壓貯液器；
5)臨時不用入口過濾器(流動相確保做好過濾)；
其它問題，包括滲漏或接頭松動、低壓混合器過濾器阻塞、泵部件損壞(密封墊等)，都能引起流動相供液不正常，注意檢查排除。
儀器設備的良好運行離不開平時的規范操作和正確的維護保養，熟悉儀器設備的基本操作，了解儀器設備的維護保養方法，是每一個化工實驗室研發人員必須具備的基本實驗素養，具備了這些基本實驗素養后，才能保證化工實驗室研發項目順利、安全、高效地進行。
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