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在制藥行業，制藥用水與產品的直接接觸直接影響藥品的質量。鑒于制藥用水可以作為原料和清洗劑，但容易滋生微生物。因此，各國藥典對制藥用反滲透凈水器的質量標準和用途都有明確的要求，微生物指標是凈化水系統重要的質量指標之一。在反滲透純水機的設計、安裝、驗證、運行和維護中必須采取各種措施，以有效抑制微生物的繁殖。
1、死角設計
純水系統的死角設計要求嚴格。管道比3D死角設計更小，更有利于控制系統的微生物污染。特殊情況下，采用零死角設計。
2、阻氣
反滲透純水機配有無菌水箱；排水管阻氣距離應大于25mm，防止二次污染風險。
3、管道設計
與靜水相比，流動的水不易滋生微生物。制藥行業的純化水系統應保證回水湍流，流速大于1.5m/s。采用雙管供水單管循環設計。當不需要水時，管道中的水可以保持微循環。保持回路正壓，防止微生物在管道內壁停留、附著和繁殖；
管道、閥門、罐體的表面粗糙度小于0.6μm。隔膜閥水平安裝時為45°，所有排水管安裝坡度大于0.5%，低點為排水點。
4、閥門儀表選擇
所有與純水接觸的閥門都不能使用球閥，因為球閥關閉后會有死水殘留，存在微生物污染的風險；在線儀表采用膜片式，卡箍連接，死角短，拆裝方便；在選材方面，反滲透設備采用不銹鋼材質。
5、消毒殺菌
反滲透純水機配有板式換熱器或紫外線消毒器和臭氧消毒器，防止細菌影響水質。系統應定期消毒殺菌，控制整個系統的微生物污染水平，保證水質。
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