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全自動高壓滅菌器是利用高壓和高熱釋放的潛熱進行滅菌。原理是在密閉的容器中，水的沸點因為蒸汽壓力增大而升高，以此提高蒸汽的溫度，用來進行有效滅菌。
全自動高壓滅菌器應該需要注意的問題：
1、滅菌包不宜過大過緊(體積小于50 cm x30 cm x30 cm),滅菌器內物品的放置總量不應超過滅菌器柜室容積的85%.各包之間要有空隙，使蒸汽流通、容易滲入包裹中央，排氣時蒸汽迅速排出，保持物品干燥。
2、盛裝物品的貯槽或盒應有通氣孔，若無孔，應將容器蓋打開，滅完菌后，要關閉通氣孔，保持無菌狀態。
3、布類物品放在金屬、搪瓷類物品之上，避免蒸汽遇冷凝成水珠，使包布受潮，使蒸汽無法進入包裹中心部位，影響滅菌效果。
4、注意安全操作，每次滅菌前，應檢查火菌器是否處于良好的工作狀態，隨時觀察，壓力及溫度情況。
5、滅菌完畢后減壓不要過猛，壓力表回歸“0"位后才可打開蓋或門。
6、定期檢查滅菌效果。經高壓滅菌的物品盡量在1周內使用。
全自動高壓滅菌器在使用時，一定將滅菌器中的冷空氣排除干凈。因為空氣的膨脹壓力大于水蒸氣的膨脹壓力，當水蒸氣中含有空氣時，壓力表上所示的壓力不是水蒸氣的實際壓力，而是水蒸氣壓力和空氣壓力的和。因為在相同的壓力下，含空氣的蒸汽的溫度低于飽和蒸汽的溫度，所以當滅菌器加熱達到需要的滅菌壓力時，如果含有空氣，滅菌器內達不到所需的滅菌溫度，就達不到應有的滅菌效果。
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