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全自動高壓滅菌器的正確操作時保證操作人員的人身財產安全的重要前提，標準全自動高壓滅菌器的操作步驟如下：
1 、取出全自動高壓滅菌器，將腔體雜物清理干凈，使用前一定要仔細參考全自動高壓滅菌器說明書，若有專人管理，上海博迅建議用戶打印一份操作流程。
2 、將全自動高壓滅菌器放置于平穩安全處，把手動排水閥擰至‘關閉’ ' 處，向滅菌器內加入蒸餾水 ( —般 1ol 多點 ) ，加水時要緩慢些，以免加入過多的水從而影響儀器正常工作，直至高水位燈亮時，再多加入 1 ～ 2l 即可。
3 、可根據具體的滅菌物品設定溫度和時間，具體操作如下：
按“設定”鍵，此時顯示為溫度設定，可以按上下箭頭鍵，即可設置自己想要的數值，用同樣的方法可設定滅菌時間。
全自動高壓滅菌器對于不同滅菌物品的滅菌操作要求：
將滅菌物品放入腔體擺放整齊，需注意的是，物品擺放的高度要低于腔體，以免堵塞頂部排氣閥門，造成危險。不同的滅菌物滅菌的方法和時間都有區別，特別要注意的是敷料的滅菌，敷料是裝在不銹鋼器皿中的，多數用戶都忘記打開敷料盒的通氣小孔，以致于每次滅菌達不到試紙條的顏色，造成滅菌失敗。一些器具的滅菌是用布帶扎好滅菌，滅菌完畢后，不要拆開包裝的布帶，否則會再次污染。
對液體和培養基滅菌時，注意當滅菌完畢后，一定要讓全自動高壓滅菌器自然排氣冷卻，萬不可快速放氣，急劇冷卻，以免造成玻璃容器因溫度驟變而引起爆裂，從而威脅實驗人員的安全和造成全自動高壓滅菌器污染。
在滅菌物品上 蓋一層布，這樣滅菌后的物品不會因潮濕而擔心滅菌效果，盡量讓全自動高壓滅菌器自然冷卻，禁止打開上方的安全閥和排氣閥，以免造成高壓氣體傷人的危險。全自動高壓滅菌器建議一個月打開一次儀器上方的安全閥和排氣閥，以免造成銹蝕直致銹死而帶來危險。
4 、旋緊門蓋，將全自動高壓滅菌器下方的手動排氣閥擰至排氣的適當位置，以方便腔體氣體均勻溫度，此時連鎖開關閉合，連鎖燈亮起，儀器開始工作。
5 、全自動高壓滅菌器工作，溫度開始升高，提供的全自動高壓滅菌器在出廠時，均有欠壓蜂鳴的功能，全自動高壓滅菌器會一直響，直至壓力燈亮，蜂鳴聲停止。
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