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紅外線分析器的氣樣出口都是通大氣的，不論是何種，都必須注意保證使儀器獲得具有代表性的樣品。在分析煙道氣時，原始氣流又潮又熱，還可能有特殊物質，應該特別注意避免特殊物質冷凝、沉積在分析器的氣室窗口上。因此，儀器的使用應與取樣的技術結合起來。
取樣系統一般包括雜質過濾、干燥、壓力控制和流量控制等。對于高溫煙道氣還需有冷卻裝置。取樣系統的組成應視被監測的環境、背景條件而定。取樣系統的有效性對儀器正常運行具有重要作用。任何灰塵或水氣在測量氣室中的沉積或冷凝都會給儀器零點穩定性和測量精度帶來不良影響，甚至使儀器不能工作。因此，要定期清洗和更換取樣系統的有關部分，以維護取樣系統的清潔和有效性。
紅外線氣體分析器投入正常工作以后，每周至少要用標準氣樣校準刻度一次，以確保儀器分析的準確性。所用的標準氣樣可是標準混合氣制造部門提供的鋼瓶裝標準氣，也可以是臨時以動態法或靜態法制備的標準氣樣。標定分析器時，要先校正儀器的零點和終點。校正零點用的標準零點氣就是純氮。校正終點所用的終點氣應盡量接近儀器的滿量程標度。已知標準氣的精度比一儀器的精度高3倍，即標準氣的分析誤差不多過儀器測量誤差的三分之一。若零點和終點與標準樣品的特定值之間有較大偏差，則要在反復通入零點氣與滿量程標準氣情況下，反復調整儀器的靈敏度調節旋鈕，反復校正零點和終點，直到零點和終點的指示值符合要求為止。這是由于調節零點和終點相互關聯、相互影響。必要時，即不能達到滿量程時，也可以調整主放大器的放大器靈敏度調節旋鈕。
檢測器是儀器的主要部件之一，如果懷疑檢測器絕緣不好，可用萬用表或高阻計測試，不允許用搖表測試。檢測接收器上的接點，不能用烙鐵去熔錫，以防破壞內部密封。
儀器的光學系統要保持清潔，不能用手檫拭。如反射鏡被玷污，可以用長纖維棉花球蘸無水乙醇檫洗。接收器和氣室的窗口只能用高級光學鏡頭紙檫拭。測量氣室可用無水乙醇沖洗。
紅外光源燈絲的位置是調定的，不要隨意搐動。兩個燈絲是經老化后按形狀、電阻值和輻射光來選擇配對的，不得隨意更換。
儀器的轉動部分是切光器，它的馬達單向轉動，不得強行倒轉，以免造成損壞。對切光片的軸承可以定期加注潤滑油以維護其良好的轉動性能，儀表潤滑油以每半年加一次為宜。
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