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全自動梯度PCR儀在PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結(jié)合擴增。擴增的結(jié)果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統(tǒng)，得出量化的實時結(jié)果輸出。可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產(chǎn)物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多通道利于做多重PCR，實現(xiàn)一次檢測多種目的基因的功能。
全自動梯度PCR儀是一種在實驗室使用頻率及使用時間非常高的儀器，因此故障率也是比較高的。PCR儀的故障主要有以下幾類：
1、制冷半導(dǎo)體故障
制冷半導(dǎo)體是PCR儀的核心部件，PCR儀用的制冷半導(dǎo)體都是工業(yè)級PCR儀專用的半導(dǎo)體片，主要是能耐大的溫度變化。但這些制冷半導(dǎo)體的生產(chǎn)都是半手工的，也沒有很好的辦法來檢測其耐用性。總之是有一定的故障率的。
制冷半導(dǎo)體的耐溫度變化次數(shù)是與其材料及生產(chǎn)技術(shù)相關(guān)的。如陶瓷片切塊、非硬性焊接等技術(shù)。好的制冷半導(dǎo)體生產(chǎn)商會提供溫度變化次數(shù)實驗數(shù)據(jù)。其性能隨溫度變化次數(shù)會下降。有的PCR儀具有溫度變化次數(shù)計數(shù)的功能。
2、溫度傳感器故障
PCR儀用的溫度傳感器是大致有三類，即熱電阻型、熱電偶型和半導(dǎo)體型，熱電阻型、熱電偶型用得多，故障率較低，而半導(dǎo)體型的因為內(nèi)含電路，在PCR儀中使用時故障率較高（當然它有其他的優(yōu)點）。有的PCR儀會報傳感器故障，其實傳感器、與傳感器相關(guān)的線路以及傳感器信號處理電路的故障都有可能。
3、控制板故障
控制板是PCR儀的指揮中心，其比較容易受到外部因素的影響而出現(xiàn)故障，如灰塵過多引起控制板溫度過高、濕度過大引起電路短路、串擾（從電源線來）及電磁幅射（無線）的干擾等。
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