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怎樣保證清潔度顯微鏡光軸的平均度：
數碼清潔度顯微鏡物鏡單元中還有一塊可動光闌板，上有幾個孔徑不等(如205m^-120pm)的光闌片，可供不同目標試驗時選用。清潔度顯微鏡低反差樣品可選用小孔光闌，厚樣品和高分辯像工作(指相位襯度像)可接納較大孔的光闌，而進行電子衍射試驗時必須撤出物鏡光闌。平時樣品放在物鏡的前(即物方)中心左近，而清潔度顯微鏡光闌坐落物鏡的后(即像方)焦面中。物鏡的焦距很短僅為1毫米擺布，清潔度顯微鏡磁場又密布分布在縫隙很小的極靴處，因此保證樣品支架、物鏡可動光闌板以及極靴孔槽面的平行度特別緊張。
偏明顯微鏡往往中心鏡工作于弱鼓勵情況，而投影鏡是強鼓勵式的。由于清潔度顯微鏡的成像平面是固定的、調查圖畫用的熒光屏，因此在不同的擴大模式中盡管各中心鏡的電流可以有種種更改，但是它們終究所成的像，，也便是投影鏡的物，應該坐落光軸上的相對穩定的地位處。這樣清潔度顯微鏡的物距改變不會太大。為保證其成像在固定的熒光屏上，投影鏡的電流一般不用作太大的調解。從像差的視點來看，這幾級中的電子束有效孔徑角a己變得很小，故緊張的只是畸變。這是由于經物鏡擴大后，這幾級清潔度顯微鏡的物具有離軸高度(r)較大的特征。在設計中往往有意識在上、下透鏡中令其交替發現桶形或枕形畸變并終究彼此抵消。
在清潔度顯微鏡上方常插入一塊選區光闌板，板上也有幾個孔徑不等(例如從幾十Jim到上千5m)的光闌片。它的優點是在中心鏡的物即物鏡的像)上挑選必然的感趣味區，以供應作電子衍射剖析用。這種選區歸根結底等效于在樣品上選區。它是一種利便的偏明顯微鏡微區結構剖析的技巧。
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