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20世紀以來，隨著工業的飛速發展、人口的快速增長、環境污染的日益嚴重以及人類環保意識的逐步增強，微生物的環保功能隨著工業的發展越來越重要。科學技術與人類對微生物認識的加深微生物已廣泛應用于污染綜合治理和環境監測。
微生物環境監測是對代表環境質量的各種指標數據進行測量的過程，它包括環境分析、物理測量和生物監測。所謂生物監測，就是利用生物體對環境污染的各種信息作為判斷環境污染的一種手段。自然界中生物的長期生存，既能反映多因素污染的綜合影響，又能反映環境污染的歷史條件。因此，生物監測可以彌補理化分析檢測的不足。特別是微生物具有*的特性，與環境密切相關。因此，微生物方法在生物監測中發揮著特殊的作用。
所有微生物環境監測工作均應在專屬區域進行，以減少交叉污染、假陽性結果和假陰性結果的風險。無菌試驗應在B級背景下的A單向流潔凈區或隔離系統中進行，微生物限度試驗應在不低于D級背景下的B級單向流空氣區進行。A和B級區域的空氣供應應通過末端高效空氣過濾器（HEPA）。
微生物環境監測應當制定清潔、消毒、衛生的標準操作規程，其中應當涉及環境監測結果。實驗室使用前后應進行消毒，并定期監測消毒效果。應有足夠的洗手和手部消毒設施。應當有有害微生物污染的處理程序。使用的消毒劑種類應符合潔凈實驗室的相關要求，并定期更換。理想的消毒劑不僅能殺滅多種微生物，對人體無毒性，不會腐蝕或污染設備，而且具有去污功能，性能穩定，起效快，殘留少，價格合理。對所用消毒劑、清潔劑的微生物污染情況進行監測，并在規定的有效期內使用。潔凈區應使用無菌或無菌的消毒劑和清潔劑。
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