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分析色譜與制備色譜的根本區別在于分離目的不同。分析色譜，反映的是樣品的組成，追求的是高效分離和高靈敏度，不需要收集特定的餾分，洗脫液通常作為廢液來處理。但在制備色譜中，為了節省投資和操作費用，必須以最少的時間生產最大量的產品。由于目的不同，制備色譜與分析色譜所選用的操作參數，包括色譜柱尺寸、填料、流量、操作壓力、進樣量、產品純度、產品回收率、色譜分離效果等的優化上有較大的差別。前者要求進樣量越小越好，而后者為了提高制備量，柱子必須超載。柱子的超載方式有兩種，一種是 “質量超載”，即維持較小的進樣體積，提高進樣濃度；另一種是 “體積超載”，即保持較小的進樣濃度，增加進樣體積。在制備色譜中，一般認為采用質量超載的方式較好。在制備色譜分離過程中，分離度和柱效均隨著質量超載程度的增加而下降。但是，在分離度可以滿足要求的前提下，采用質量超載的方式操作，可以提高制備量。
目前，主要通過線性放大的原理優化從分析到制備過程的操作參數。通常假設分析色譜系統和制備色譜系統的化學性質、傳質過程都保持不變，分析型液相色譜的進樣量、流量、收集體積等乘以線性放大系數便可得制備型液相色譜的相應參數。線性放大系數即為制備色譜柱和分析色譜柱的截面積之比與柱長之比的乘積。
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