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凍干機適用于熱敏和受熱易變型變性的物質。如生物領域：藥品、疫苗、血清、血漿、抗體、微生物、植物提取物等。非生物領域：食品、納米顆粒、膠體、植物、文物等。
真空冷凍干燥食品加工工藝（以下簡稱為凍干技術）被業界*為先進的食品加工技術，經過凍干機加工后的產品能夠保留其原有食品的顏色和味道，易于運輸，便于貯藏，能夠極大的降低成本，凍干機加工后的食品也并未流失其原有的營養成分。
出口凍干機包含的凍干技術中涉及的參數主要有：有物性參數和過程參數。有物性參數即為原料的導熱系數、比熱容和密度等；過程參數主要有預凍速率、干燥室真空度和料盤裝載量等。就凍干機預凍速率來說，在凍結食品原料的過程中，原料表面會根據凍結時間和凍結溫度而生成不同縫隙大小的冰狀體顆粒物，這種顆粒物的間隔縫隙與大小在后期深加工時會直接影響干燥速度。
在凍干機慢速冷凍情況下，原料細胞外會產生結晶，此時細胞外水分以固體形式存在，而細胞內水分仍以液態形式存在，在內外壓強不平衡的情況下將會擠壓細胞內活性水向細胞外擴散，此時就會造成細胞壁破損，細胞內營養物質外泄，從而影響食品的質量。在凍干機工藝優化方面，應該以快速冷凍的方式代替慢速冷凍。
在凍干機快速冷凍的方式下，冰狀物結晶生成速度遠遠大于細胞內活性水被擠壓到細胞外的速度；此時生成的冰狀物結晶細小，密度小，縫隙小，在細胞壁外生成了一層冰狀屏障，能夠阻擋營養物質的外泄。實施快速冷凍的原材料上附著的冰狀物結晶較少，也會大大提高干燥速度，從而減少干燥時間，獲取更高的效益。
生產商應該根據食材的類別、切片厚度和重量選擇干燥方式。凍干機食品加工中，應該注意冷凍加工時間，并且要在冷凍加工完進行保溫，保溫時間一般為 1 h，保證食品的凍結效果。為了維持凍干效果，應根據產品的凍干程度選擇不同設計的包裝袋，防止食品在運送過程中變質。
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