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自動蒸汽滅菌器可根據使用目的，遠擇相應的滅菌程序，有滅菌、滅菌-保溫、溶解-保溫、器具滅菌4種過程，每個過程有3個設定值，不同的程序，程序的設定值也可根據情況變更。滅菌器可自動完成滅菌過程程，滅菌完成，可取出滅菌物品，操作更加方便。
使用時需要在外層鍋內加適量的水，將需要滅菌的物品放入內層鍋，蓋好鍋蓋并對稱地扭緊螺旋。加熱使鍋內產生蒸氣，當壓力表指針達到33.78kPa時，打開排氣閥，將冷空氣排出，此時壓力表指針下降，當指針下降至零時，即將排氣閥關好。繼續加熱，鍋內蒸氣增加，壓力表指針又上升，當鍋內壓力增加到所需壓力時，將火力減小，按所滅菌物品的特點，使蒸氣壓力維持所需壓力一定時間，然后將滅菌器斷電或斷火，讓其自然冷后再慢慢打開排氣閥以排除余氣，然后才能開蓋取物。
自動蒸汽滅菌器注意事項：
(1)待滅菌的物品放置不宜過緊。
(2)必須將冷空氣充分排除，否則鍋內溫度達不到規定溫度，影響滅菌效果。
(3)滅菌完畢后，不可放氣減壓，否則瓶內液體會劇烈沸騰，沖掉瓶塞而外溢甚至導致容器爆裂。須待滅菌器內壓力降至與大氣壓相等后才可開蓋。
(4)裝培養基的試管或瓶子的棉塞上，應包油紙或牛皮紙，以防冷凝水入內。
(5)為了確保滅菌效果，應定期檢查滅菌效果，常用的方法是將硫磺粉末(熔點為115℃)或安息香酸(熔點為120℃)置于試管內，然后進行滅菌試驗。如上述物質熔化，則說明高壓蒸氣滅菌器內的溫度已達要求，滅菌的效果是可靠的。也可將檢測滅菌器效果的膠紙(其上有溫度敏感指示劑)貼于待滅菌的物品外包裝上，如膠紙上指示劑變色，亦說明滅菌效果是可靠的。
(6)現在已有微電腦自控型高壓蒸氣滅菌器，只需放去冷氣后，儀器即可自動恒壓定時，時間一到則自動切斷電源并鳴笛，使用起來很方便。
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