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高效液相色譜在使用過程中常會出現一些影響分析結果的問題，如果使用人員了解常見問題及其成因和相關解決方法，就能做到早預防勤維護，使分析結果保持較好的穩定性與較高的精確性。
高效液相色譜儀的漂移問題主要包括基線漂移和保留時間漂移。
基線漂移
一般說來，機器剛起動時，基線容易漂移，大概要半個小時的平衡時間，如果你用了緩沖溶液或緩沖鹽，還有就是在低波長下(220 nm)平衡時間相對會比較長，但如果你在實驗過程中發現基線漂移，則你要考慮下面的原因：
1)柱溫波動。解決方法：控制好柱子和流動相的溫度，檢查是否有打開的窗戶或空調對著柱溫箱；
2)流通池被污染或有氣體。解決方法：用甲醇或其他強極性溶劑沖洗流通池(最好斷開柱子)。如有需要，可以用1N的硝酸(不要用鹽酸)；
3)紫外燈能量不足。解決方法：更換新的紫外燈；
4)流動相污染、變質或由低品質溶劑配成。
解決方法：檢查流動相的組成，使用高品質的化學試劑及HPLC級的溶劑；
5)樣品中有強保留的物質(高K’值)以饅頭峰樣被洗脫出，從而表現出一個逐步升高的基線。
解決方法：使用保護柱，如有必要，在進樣之間。在分析過程中，定期用強溶劑沖洗柱子；
6)檢測器沒有設定在最大吸收波長處。解決方法：將波長調整至最大吸收波長處；
7)流動相的PH值沒有調節好。解決方法：加適量的酸或堿調至最佳PH值。
保留時間漂移
保留時間重現是液相性能好壞的一個重要標志，同一種東西，兩次的保留時間相差不要超過15 s，超過了半分鐘可看做保留時間漂移，就無法進行定性，你要考慮以下原因：
1)溫控不當。解決方法：調好柱溫，檢查是否有打開的窗戶或空調對著柱溫箱；
2)流動相比例變化。解決方法：檢查四元泵的比例閥是否有故障；
3)色譜柱沒有平衡。解決方法：在每一次運行之前給予足夠的時間平衡色譜柱；
4)流速變化。解決方法：重新設定流速 ；
5)泵中有氣泡。解決方法：從泵中除去氣泡 。
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