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數碼顯微鏡是使用傳統的光學顯微鏡的變形光學和數字照相機輸出的圖像的監視器，有時由一個上運行的軟件來計算機。數碼顯微鏡通常有自己的內置LED光源，與光學顯微鏡的不同之處在于沒有通過目鏡直接觀察樣品的規定。由于圖像聚焦在數字電路上，因此整個系統是針對監視器圖像而設計的。省略了人眼的光學元件。那么我們應該怎么操作使用數碼顯微鏡呢？
1、取鏡：右手握住鏡臂，左手平托鏡座，保持鏡體直立。（特別要禁止單手提著顯微鏡走，防止目鏡從鏡筒中滑脫）。
2、安放：放置桌邊時動作要輕。一般應在身體的前方，（略偏左），鏡筒向前，鏡臂向后，距桌邊7～10 ㎝處，以便觀察和防止掉落。安放目鏡。
3、對光：升—轉—看—調。
①轉動粗準焦螺旋，使鏡筒上升約2厘米。
②轉動轉換器（轉動轉換器的轉動板，不要用手直接推物鏡），使低倍物鏡對準通光孔(物鏡的前端與載物臺要保持2厘米的距離)。把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內(右眼睜開，便于以后 同時畫圖)。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。光線強時，（用平面鏡、小光圈）光線弱時，（用凹面鏡、大光圈）
③觀察：放—壓—降—看—升—調。把印有“e” 字的玻片標本放在載物臺上，使要觀察的物像正對通光孔，玻片兩端用壓片夾壓住。然后從側面看著物鏡，轉動（粗準焦螺旋）使鏡筒慢慢下降，直至物鏡接近玻片為止(此時眼睛一定要看著物鏡）。用（左眼）在目鏡中觀察，右眼睜開，反向轉動（粗準焦螺旋）使鏡筒緩緩上升，直至看清物像為止。
4、收鏡
①觀察完畢，先提升鏡筒，取下玻片標本。
②用紗布將顯微鏡外表擦拭干凈，用擦鏡紙將目鏡和物鏡擦拭干凈。
③轉動轉換器，使兩個物鏡伸向前方，將鏡筒緩慢降至最低。
④將反光鏡放在直立的位置。
⑤將顯微鏡放回原處。
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