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在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。
1.樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱
2.如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱（缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗）
3.若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾）或一些經過修飾的C18柱（如極性嵌入技術或堿去活技術等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留
4.如果堿性化合物的極性太強，或堿性太強；可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測（優點是方法開發簡單，缺點是目前實現這一技術的色譜柱品牌比較少，價格也高）或者選用HILIC色譜柱（硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經典的檢測堿性樣品的方法）選擇強離子交換柱（缺點是不能用來分析其它樣品，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗）也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱
液相色譜柱是用于分離、純化和檢測混合物中化學成分的重要工具。其主要特點如下：
分離效果好：液相色譜柱可以分離復雜的混合物，因為它們具有高分辨率和選擇性。這些特性源自于柱填料的多樣性、柱徑、長度以及使用的溶劑系統等因素。
操作簡便：相對于其他色譜技術，液相色譜柱操作簡單易學，只需掌握一些基本技能即可使用。此外，它還允許在線監測和數據記錄。
處理大樣品量：液相色譜柱可以處理大樣品量，從毫升到升級別。這使得它在生產環境中特別有用，可以快速分離和純化大量的產品。
高靈敏度：由于液相色譜柱通常與檢測器相結合，因此它可以實現高靈敏度的定量和定性分析。同時，現代檢測器的發展提高了其靈敏度和選擇性。
應用廣泛：液相色譜柱在化學、藥學、食品科學、環境監測等領域中應用廣泛。它們可以用于分離有機和無機化合物、生物大分子以及各種雜質。
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