分析了解樣本蛋白的結構性質有助于選擇最合適的抗體，至少兩方面因素需要考慮待測樣本蛋白的結構域：抗體是由各種不同免疫原免疫宿主而制備得來，其中的免疫原包括：全長蛋白、蛋白片斷、多肽、全有機體（如：細菌）或細胞，抗體說明書一般都有免疫原的描述，如果打算檢測的是蛋白片斷或一種特殊的同型物或蛋白全長的某一區域，則必須選擇用含此片段域的免疫原制備出的抗體。如果打算用FCM流式檢測活細胞的表面蛋白，則需要選擇含該表面蛋白的胞外域來免疫制備的抗體。

樣本的提取或處理過程：某些抗體要求樣本經過某些特殊處理，例如：許多抗體只識別還原和變性的、表位已暴露不受二級四級結構阻礙的蛋白樣本，另一方面，某些抗體僅識別天然折疊狀態的蛋白。當選擇免疫組化的抗體時，應注意某些抗體只識別未固定的冷凍的組織，而另一些抗體則適用于無需抗原修復解交聯步聚的甲醛固定石蠟包埋的組織，這些都會在抗體說明書上應用部分標示出來。