如果反應結束后，水中殘留的Fe^{3+}濃度較高，Fe^{3+}會水解生成氫氧化鐵膠體或沉淀，從而使水呈現黃色。
有機物氧化不wan全
- 芬頓反應的目的是通過產生羥基自由基（\cdot OH）來氧化降解水中的有機物。

但如果有機物濃度過高、反應時間不足、芬頓試劑投加量不夠等，導致有機物不能被wan全氧化，可能會生成一些中間產物，這些中間產物可能具有一定的顏色，使出水呈現黃色。
水質本身的特性
- 原水中可能含有一些帶色的物質，如天然有機物中的腐殖質等，芬頓反應對這些物質的去除效果有限，或者在反應過程中這些物質的結構發生改變，但其顏色并未wan全褪去，從而導致出水仍呈現黃色。
反應條件控制不當
- 芬頓反應需要在一定的pH值范圍內進行，通常最佳pH值在2 - 4之間。

如果pH值過高或過低，都會影響反應的進行，使反應效率降低，導致鐵離子的存在形態發生變化，進而使出水顏色變黃。另外，反應溫度也會對芬頓反應產生影響，溫度過高或過低都可能導致反應不wan全，使出水出現黃色。