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在樣品進入色譜柱保護柱之前，先流經保護柱。保護柱內填充有特定的吸附劑，這些吸附劑對樣品中的雜質具有選擇性吸附作用。例如，在高效液相色譜(HPLC)中，如果樣品含有蛋白質等大分子雜質，保護柱中的吸附劑可以通過疏水相互作用、靜電引力等方式將這些大分子吸附在保護柱內，而讓目標小分子化合物順利通過，從而防止這些大分子雜質進入色譜柱污染固定相。
樣品中可能存在的微小顆粒雜質也是色譜柱的一大威脅。保護柱可以起到過濾的作用，其內部的多孔結構或濾膜能夠阻擋這些顆粒，避免它們堵塞色譜柱的入口或在柱內積累。當樣品溶液通過保護柱時，顆粒被截留在保護柱中，保證了進入色譜柱的樣品是相對清潔的，維持了色譜柱內流體的順暢流動，有助于保持良好的色譜分離效果。
色譜柱保護柱的使用注意事項：
1.安裝方面
-接口平整：保護柱的接口應盡可能保證平整，避免劃傷，防止出現泄漏或損壞接口。
-連接緊密且合理：獨立式保護柱與分析柱連接時，連接管路盡可能短，且接口切面平滑，盡量減少死體積以降低柱外展寬效應。卡套式保護柱一般未標注液流方向，使用時建議自行標注，并按照標注方向來使用，以免正反向使用后，截留的雜質污染分析柱。
2.使用過程
-專柱專用：避免保護柱成為不同項目的交叉污染源，不同的分析項目盡量使用專用的保護柱。
-控制壓力與流速：避免過高及過大的壓力變化，采用較小的流速或流速梯度的方法來控制柱壓，延長保護柱和分析柱的使用壽命。一般來說，柱壓突然升高可能意味著保護柱或分析柱堵塞，需要及時處理。
-注意流動相兼容性：確保保護柱材料與使用的流動相兼容，特別是當流動相含有乙腈等可能降解材料的溶劑時。同時，要注意流動相的純度，避免微量不溶性雜質顆粒進入保護柱造成堵塞。
-樣品凈化：在進樣前，盡可能對樣品進行分離提純，以除去對色譜柱有害的雜質，減少保護柱的負擔。
-避免反沖：通常情況下，色譜柱包括保護柱不應進行反沖，除非色譜柱的使用說明書明確標明可以進行反沖來去除柱頭上的雜質，否則反沖會迅速降低柱效。
3.維護與更換
-定期清洗：根據使用情況，定期用適當的溶劑清洗保護柱，如反相柱可用水、甲醇、乙腈等依次沖洗，再以相反順序依次沖洗，但要注意溶劑的過渡應逐漸進行，每種流動相的體積應為柱體積的20倍左右。
-正確保存：使用完保護柱后，用適宜的溶劑(如乙腈或甲醇)沖洗至基線平衡，并將柱內充滿該溶劑，擰緊柱接頭，防止溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液長時間保留在保護柱內。
-及時更換：當保護柱的性能下降到一定程度，如柱壓升高、峰型變差、分離度降低等，應及時更換，以保證分析結果的準確性和分析柱的正常使用。
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