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半自動光刻機是半導體制造等領域的關鍵設備，雖在一定程度上實現了自動化曝光，但仍需人工參與部分操作，存在生產效率低、對準精度有限、工藝均勻性差等缺點，具體如下：
生產效率較低：半自動光刻機需要人工進行上片、下片以及部分對準等操作。這些人工操作環節耗時較長，且容易受到操作人員熟練程度的影響，難以實現連續快速的生產，無法滿足大規模工業化生產的需求。
對準精度有限：盡管半自動光刻機可以通過電動軸根據CCD進行定位調諧，但人工參與對準過程仍不可避免地會引入人為誤差。與全自動光刻機相比，其套刻精度通常較高，一般≥1μm，難以滿足更高精度的光刻需求，如先進集成電路制造中的納米級光刻工藝。
工藝均勻性差：涂膠和顯影等步驟在半自動光刻機中可能需要手動完成，這容易導致光刻膠厚度不均勻或顯影效果不一致，影響光刻圖形的質量和一致性，進而影響產品的性能和良率。
掩模易損耗：部分半自動光刻機采用接觸式曝光方式，即掩模直接接觸光刻膠，這種方式雖然能獲得較高的分辨率，但每次曝光都會對掩模造成一定程度的磨損，長期使用會導致掩模圖形失真，影響光刻精度，同時也增加了掩模的更換成本和維護工作量。
靈活性不足：一些半自動光刻機在硅片移動方面靈活性較差，不能對硅片進行多方位的精確移動，且硅片的定位結構可能會對硅片造成磨損，同時設備內部的除塵效果可能不理想，影響光刻的精準度。
操作人員要求高：由于需要人工參與部分操作，操作人員需要具備一定的專業知識和操作技能，才能正確完成上片、對準等步驟，否則容易因操作不當導致設備故障或產品質量問題。此外，操作人員還需要時刻關注設備運行狀態，勞動強度相對較大。
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