一、根據對培養基組成物質的化學成分是否了解來區分，可以將培養基分為：天然培養基、合成培養基和半合成培養基。

1、天然培養基

天然培養基是指利用各種動、植物或微生物的原料，其成分難以確切知道。用作這種培養基的主要原料有：牛肉膏、麥芽汁、蛋白胨、酵母膏、玉米粉、麩皮、各種餅粉、馬鈴薯、牛奶、血清等。用這些物質配成的培養基雖然不能確切知道它的化學成分，但一般來講，營養是比較豐富的，微生物生長旺盛，而且來源廣泛，配制方便，所以較為常用，尤其適合于配制實驗室常用的培養基。這種培養基的穩定性常受生產廠或批號等因素的影響。

2、合成培養基

合成培養基是一類化學成分和數量知道的培養基，它是用已知化學成分的化學藥品配制而成。這類培養基化學成分精確、重復性強，但價格昂貴，而微生物又生長緩慢，所以它只適用于做一些科學研究，例如營養、代謝的研究。

3、半合成培養基

在合成培養基中，加入某種或幾種天然成分；或者在天然培養基中，加入一種或幾種已知成分的化學藥品即成半合成培養基。例如馬鈴薯蔗糖培養基等。這種培養基在生產實踐和實驗室中使用最多。

二、根據培養基的物理狀態來區分，可以分為：固體培養基、液體培養基和半固體培養基。

1、固體培養基

在液體培養基中加入適量的凝固劑即成固體培養基。常用作凝固劑的物質有瓊脂、明膠、硅膠等，以瓊脂常用。固體培養基在實際中用得十分廣泛。在實驗室中，它被用作微生物的分離、鑒定、檢驗雜菌、計數、保藏、生物測定等。

2、液體培養基

所配制的培養基是液態的，其中的成分基本上溶于水，沒有明顯的固形物，液體培養基營養成分分布均勻，易于控制微生物的生長代謝狀態。

3、半固體培養基

如果把少量的凝固劑加入到液體培養基中，就制成了半固體培養基。以瓊脂為例，它的用量在0.2——1%之間。這種培養基有時可用來觀察微生物的動力，有時用來保藏菌種。

三、根據培養基的用途來區分，可以分為：選擇培養基、增殖培養基和鑒別培養基等。

1、選擇培養基

選擇培養基利用微生物對某種或某些化學物質的敏感性不同，在培養基中加入這類物質，抑制不需要的微生物生長，而利用所需分離的微生物生長，從而達到分離或鑒別某種微生物的目的，如分離真菌的馬丁氏培養基。既有選擇作用又有鑒別作用的培養基，如鑒別腸道桿菌的遠藤氏培養基。

2、增殖培養基

在自然界中，不同種的微生物常生活在一起，為了分離我們所需要的微生物，在普通培養基中加入一些某種微生物特別喜歡的營養物質，以增加這種微生物的繁殖速度，逐漸淘汰其它微生物，這種培養基稱為增殖培養基，這種培養基常用于菌種篩選和選擇增菌中。在某種程度上講，增殖培養基也是一種選擇培養基。

3、鑒別培養基

鑒別培養基是一類含有某種特定化合物或試劑的培養基。某種微生物在這種培養基上培養后，它所產生的某種代謝產物與這種特定的化合物或試劑能發生某種明顯的特征性反應，根據這一特征性反應可以將某種微生物與其他中微生物區別開來。主要用于不同類型微生物的快速鑒定，如用來檢查細菌能否產生硫化氫的醋酸鉛培養基。

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