鏡檢是在目檢不能確診疾病的情況下，用顯微鏡或解剖鏡對病原體作進一步的辨認。鏡檢的部位和順序與目檢基本相同。
       1、玻片壓展法：取被檢魚類器官或組織的一小部分，或一滴黏液、或一滴腸內容物等，置于載玻片上，滴少許清水或生理鹽水，用另一載玻片壓平，然后置于解剖鏡或低倍顯微鏡下觀察，辨認病原體。檢查后用鑷子或解剖針或微吸管取出寄生蟲或可疑的病變組織，分別放入盛有清水或生理鹽水的培養皿中，以待作進一步處理。
    
    2、載玻片法：此法使用于低倍鏡或高倍顯微鏡檢查。取要檢查的小塊組織或小滴內含物置于載玻片上，滴入少許清水或生理鹽水。蓋上蓋玻片，輕輕壓平（避免產生空氣泡），先置于低倍鏡下檢查。尋找目標，然后再用高倍鏡觀察，以確定病原體。
   
    由于鏡檢只能檢查很小的部分組織，為了避免遺漏，每一個病變部位都要制三個片子，檢查不同的組織。