食品凍干機與醫藥類冷凍干燥機的工作原理、工藝過程雖然都差不多，但是還是存在許多差異。
  1.產品發展的道路不通，冷凍干燥機設計中考慮的重點不一樣。藥品的冷凍干燥單份用量少，價值高，加工費占用的比例小。而且藥品是直接進入人體，甚至血管中，所以藥品凍干機要符合GMP要求，為盡量做到冷凍干燥整個過程中與外界接觸少，預凍跟干燥在同一個干燥箱內進行。
  2.制品形態不同。藥品冷凍干燥前一般多配置稀溶液，凍結后成為緊密的兵團，而固態食品則松散堆積。這就帶來兩者冷凍干燥機在結構和加工方法上的差異。
  由于以上兩個原因，導致了兩種冷凍干燥機設計不通。
  1.傳熱方式：藥品凍干機的藥品在瓶中凍結后成為與瓶（托盤）緊密接觸的冰團。冰的導熱性能較好，所以醫藥冷凍干燥機采用直接放在能制冷和加熱的擱板上進行預凍和干燥。為了使導熱性能良好，要求擱板平整光潔。
  而固態的食品因為在托盤中松散堆積，食品間存在空隙，在真空狀態下傳熱性能很早，如果采用藥品冷凍干燥機進行凍干效率太低，成本高。因此食品冷凍干燥機結構為放置食品的托盤懸于兩層輻射加熱板之間。這種輻射加熱板的溫度較高，干燥快，效率高。
  2.預凍方式：
  醫藥凍干機如前面所述一般要求預凍和干燥在同一個干燥室內進行。而食品凍干機如果預凍也在干燥箱內進行，不僅要有既能供冷又能供熱的輻射板，而且還需要使箱內空氣流動的流道和設備。在升華需要熱量的供熱部分與捕水需要制冷的熱冷環節出現冷熱抵消，增加了能耗，而且提高凍干機的成本，并且預凍又占用了干燥箱，使得效率降低。所以食品凍干機一般設有獨立的冷柜進行預凍。
  3.真空泵的匹配。
  藥品冷凍干燥機可使用較長時間（30分鐘）將其真空系統由常壓抽到某一壓力如50Pa，并以此來匹配真空泵的容量。在整個干燥期間所需真空泵容量較小，一般用一組泵。因此降壓時間的長短決定了真空泵的抽速，也決定了整個凍干過程中真空泵的能耗。而且藥品凍干機冷阱的溫度較低，抽氣處的水蒸氣壓力較低，只要抽氣量不是過大，將其壓縮到大氣壓仍能保持氣態而不會凝結成液態。
  而食品凍干機，由于干燥箱無制冷，預凍好的產品必須在很短的時間內（10-15分鐘）將箱體抽到一定的壓力，如100pa，使被凍結在制品中的冰能升華吸熱，從而降低制品的溫度，維持其凍結狀態。一般食品凍干機匹配兩套真空泵，一套較大抽量的初期泵和一套較小的抽氣泵，開始抽氣時候啟用大的抽氣泵，當真空降低到某一個值時候，可關閉大泵，而開啟小泵。這個過程中，只要漏氣率大于升華過程中產生的不凝結氣體量之和就可以。