實驗方法原理    
堿裂解法是一種應用的制備質粒DNA的方法，堿變性抽提質粒DNA是基于染色體DNA與質粒DNA的變性與復性的差異而達到分離目的。在pH值高達12.6的堿性條件下，染色體DNA的氫鍵斷裂，雙螺旋結構解開而變性。質粒DNA的大部分氫鍵也斷裂，但超螺旋共價閉合環狀的兩條互補鏈不會*分離，當以pH4.8的NaAc/KAc高鹽緩沖液去調節其pH值至中性時，變性的質粒DNA又恢復原來的構型，保存在溶液中，而染色體DNA不能復性而形成纏連的網狀結構，通過離心，染色體DNA與不穩定的大分子RNA、蛋白質－SDS復合物等一起沉淀下來而被除去。
 
簡明原理：堿裂解法是基于DNA的變性與復性差異而達到分離目的的。堿性使質粒DNA變性，再將pH值調至中性使其復性，復性的為質粒DNA，而染色體DNA不會復性，纏結成網狀物質，通過離心除去。
實驗材料    菌液
試劑、試劑盒    質粒抽提試劑盒RNase ABuffer S1Buffer S2Buffer S3Buffer W1Buffer W2 concentrateEluent
儀器、耗材    DNA 制備管 離心管移液槍槍頭槍頭盒離心機
實驗步驟    
一、試劑盒組成、貯存、穩定性 
 
耗材：DNA 制備管，2 ml 離心管，1.5 ml 離心管。
 
RNase A：50 mg/ml，室溫保存。
 
Buffer S1：細菌懸浮液。加入RNase A 后，4°C 貯存。
 
Buffer S2： 細菌裂解液，室溫密閉貯存。(若出現沉淀，應于37°C 溫浴溶解并冷卻至室溫后再使用。）
 
Buffer S3：中和液，室溫密閉貯存。
 
Buffer W1：洗滌液，室溫密閉貯存。
 
Buffer W2 concentrate：去鹽液。使用前，根據瓶上數量加入乙醇，混合均勻，室溫密閉貯存。可用100%乙醇或95%乙醇。
 
Eluent：2.5 mM Tris-HCl，pH 8.5，室溫密閉貯存。
 
二、實驗準備 
 
1.  *次使用前，RNase A全部加入Buffer S1 中，4°C貯存。
 
2.  準備無核酸和核酸酶污染的Tip頭、離心管。
 
3.  *次使用前，Buffer W2 concentrate中加入體積的無水乙醇。
 
三、操作步驟 
 
1.  取1-4 ml 在LB 培養基中培養的菌液（若使用豐富培養基，菌液體積應減半或更少），12 000×g 離心1 min，棄盡上清。
 
2.  用250 μl 已加入RNase A 的Buffer S1 懸浮細菌沉淀，懸浮需均勻，不應留有小的菌塊。
 
3.  加入250 μl Buffer S2，溫和并充分地上下翻轉混合4-6 次均勻使菌體充分裂解，直至形成透亮的溶液。此步驟不宜超過5 min。
 
4.  加入350 μl Buffer S3，溫和并充分地上下翻轉混合6-8 次，12 000×g 離心10 min。
 
步驟5～7 可以選擇負壓法或離心法純化質粒DNA。
 
A.  負壓法
.  將質粒DNA 制備管插到負壓裝置的接口上。吸取步驟4 中的離心上清并轉移到制備管中，開啟并調節負壓至-20-30 英寸汞柱，緩慢吸走管中溶液。
 
6A.  加500 μl Buffer W1，吸盡管中溶液。
 
7A.  加700 μl Buffer W2，吸盡管中溶液；以同樣的方法再用700 μl Buffer W2 洗滌一次。
 
* 確認在Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
 
B. 離心法
 
5B.  吸取步驟4 中的離心上清并轉移到DNA 制備管（置于2 ml 離心管中），12 000×g 離心1 min。
 
6B.  將制備管置回離心管，加500 μl Buffer W1，12 000×g 離心1 min，棄濾液。
 
7B.  將制備管置回離心管，加700 μl Buffer W2，12 000×g 離心1 min， 棄濾液；以同樣的方法再用700 μl Buffer W2 洗滌一次。棄濾液。
 
* 確認在Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
 
8.  將制備管置回2 ml 離心管中，12 000×g 離心1 min。
 
9.  將制備管移入新的1.5 ml 離心管中，在DNA 制備膜正*加60-80 μl 水或Eluent，室溫靜置1 min。12 000×g 離心1 min。
注意事項    
1.  Buffer S2、Buffer S3和Buffer W1含刺激性化合物，操作時要戴乳膠手套和眼鏡，避免沾染皮膚、眼睛和衣服，謹防吸入口鼻。若沾染皮膚、眼睛時，要立即用大量清水或生理鹽水沖洗，必要時尋求醫療咨詢。

2.  本試劑盒為AxyPrep 質粒DNA小量試劑盒，適合于從1-4 ml 細菌培養物中提取多至20 μg 高純的質粒DNA。