凍干機所配備的真空泵以油泵為主。

油泵的基本工作原理是，其核心部件轉子在泵油的潤滑作用下，不停的高速運轉抽氣、制造真空環境。在樣品凍干過程中，升華的水蒸汽若是未被冷凝器*捕捉，就直接進入泵油中，降低泵油的潤滑效果，從而影響轉子的正常高速運行、降低真空泵的運轉速度和真空度，嚴重時甚至無法工作，從而導致真空泵的損壞。因此，如何避免水蒸汽進入真空泵則成為避免真空泵發生故障的一個主要手段。

解決方案有：

1.選擇可自行設定真空泵的啟動條件的凍干機。例如，設置凍干機啟動后冷凝器溫度在低于-40℃后真空泵才被允許啟動，否則無法開啟。這樣可確保水蒸汽盡可能多的被冷凝器捕捉到，而不會進入泵油中損壞真空泵，消除真空泵由于誤操作而損壞的可能。

2.選擇冷凝器容量、補冰效率等參數高的凍干機。凍干機的冷凝器容量越大、補冰能力越強，在處理同樣的樣品時，不僅凍干速率和效果更好，對水蒸汽的捕捉能力也越強，可有效降低水蒸汽對于真空泵的影響。

3.更換泵油或加熱泵油、選擇配有氣鎮閥的真空泵。更換泵油是相當直接、快速的解決辦法，但是不夠節約成本，只有在非常有必要更換的情況下才予以考慮。加熱泵油可在一定程度去除滲入泵油中的水蒸汽，但是仍然很難達到初始泵油的那種潤滑效果。這種情況下，一般建議選擇配有氣鎮閥的真空泵。氣鎮閥的作用是加速排除泵內殘留的水蒸汽，防止水蒸汽進入泵內污染泵油油質。