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m7G-MeRIP-seq RNA m7G甲基化測序

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深圳市易基因科技有限公司(簡稱易基因,E-GENE Co.,Ltd.)專注表觀組學十余年,以“表觀遺傳學科學研究與臨床應用”為愿景,依托高通量測序技術和云數據分析平臺。為醫療機構、科研機構、企事業單位等提供以表觀遺傳學技術為核心的多組學科研服務及解決方案,全面覆蓋針對生命科學基礎研究、醫學及臨床應用研究等內容。


易基因專注表觀組學十余年,多組學科研服務。技術團隊在國際上LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羥甲基化技術流程,研發建立簡化基因組甲基化dRRBS、cfDNA-RBS,單細胞/微量DNA全基因組甲基化及簡化高通量甲基化測序技術,RNA甲基化測序等技術和方法,并建立易基因科技全自動化彈性資源生信分析系統。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、 Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics 、Clin Epigenetic等期刊發表論文100余篇,申請發明12項、軟件著作權27項。



T:0755 - 28317900 

V:181 2416 7839

生命科學及生物技術研發和推廣,生物技術服務

N7-甲基鳥苷(N7-methylguanosinem7G)是真核生物tRNArRNAmRNA 5'cap中豐富的修飾之一。作為一種重要的表觀遺傳修飾,m7G RNA甲基化在基因表達、加工代謝、蛋白質合成、轉錄穩定等方面發揮著重要的作用,參與疾病發生發展等多種生命過程。


對于m7G RNA甲基化修飾的檢測,易基因采用基于抗體富集的m7G-MeRIP-seq,利用m7G特異性抗體富集發生m7G甲基化修飾的RNA片段(包括mRNAlncRNArRNA去除所有RNA),結合高通量測序,對RNA上的m7G修飾進行定位與定量,總RNA起始量可降低至10μg,僅需1μgRNA

RNA m7G甲基化測序

技術優勢:

?  起始量低:樣本起始量可降低至10-20μg,僅需1μgRNA

?  高通量測序:全轉錄組m7G位點高通量測序,可同時檢測mRNAlncRNA

?  樣本要求:可用于動物、植物、細胞及組織的m7G檢測;

?  重復性高:m7G-MeRIP-seqIP富集重復性高,降低抗體富集偏差;

?  應用范圍廣:廣泛應用于組織發育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥的發生與發展、藥物應答等研究領域。

 

技術路線:

RNA樣品文庫構建上機測序數據分析

 

送樣要求:

送樣要求

項目周期

?  樣本類型:去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA樣本

?  樣本總量:10μg

?  樣本濃度:建議≥250 ng/μL

?  樣本完整度:RIN ≥ 7Ratio 28S/18S ≥ 0.7;某些來源樣本(如體液樣本,昆蟲樣本,水生生物樣本等)無RINRatio28S/18S要求

20個樣本以下標準流程的運轉周期約為36個工作日。遇到樣本數目較多時,項目周期需要與技術支持人員確定。









典型案例

哺乳動物轉錄組范圍mRNAm7G RNA甲基化圖譜

Transcriptome-wide Mapping of Internal N7-methylguanosine Methylome in Mammalian Messenger RNA

 

背景

m7G RNA甲基化在真核mRNA中的存在和分布有待研究。

方法

本研究開發了基于抗體富集m7G RNA甲基化修飾測序方法:基于抗體富集的m7G-MeRIP-seq

結果

本研究作者使用m7G-MeRIP-seqRNAm7G甲基化進行轉錄組范圍的高通量測序分析,揭示了人和小鼠細胞內m7G甲基化水平(mRNA分布、富集的共有motif等)。另外,作者將METTL1基因鑒定為在mRNA內催化m7G修飾的一種甲基轉移酶,表明RNAm7G甲基化可影響mRNA翻譯。

Zhang LS, et al. Transcriptome-wide Mapping of Internal N7-Methylguanosine Methylome in Mammalian mRNA. Mol Cell. 2019 Jun 20;74(6):1304-1316.e8.

RNA m7G甲基化測序


圖:m7G-MeRIP-seq繪制的人和小鼠細胞系內m7G位點的轉錄組范圍分布圖


參考文獻:

    Zhang LS, et al. Transcriptome-wide Mapping of Internal N7-Methylguanosine Methylome in Mammalian mRNA. Mol Cell. 2019 Jun 20;74(6):1304-1316.e8.



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