MeRIP-seq/m1A-seq m1A RNA甲基化測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型號 MeRIP-seq/m1A-seq
- 產地
- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2025/4/17 16:53:45
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N1-甲基腺苷（N1-methyladenosine，m1A）是一種普遍存在于真核生物tRNA、rRNA和mRNA且可逆的轉錄后RNA修飾。基于高通量測序技術研究揭示m1A RNA修飾在基因調控和生物過程中的關鍵作用：對RNA穩定性和翻譯起始等過程有著重要調節作用，廣泛參與多種疾病的發生和發展。
m1A RNA修飾的檢測，易基因采用基于抗體富集的甲基化RNA免疫沉淀測序方法（MeRIP-seq/m1A-seq），該技術利用m1A特異性抗體富集發生m1A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結合高通量測序，對RNA上的m1A修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，僅需1μg總RNA。
易基因提供適用于不同科研需求的m1A-seq技術：
? m1A甲基化-常量mRNA 甲基化測序（m1A-seq）
? m1A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-m1A-seq）
? m1A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-m1A-seq）
技術優勢：
? 起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，僅需1μg總RNA；
? 轉錄組范圍內：可以同時檢測mRNA和lncRNA；
? 樣本要求：可用于動物、植物、細胞及組織的m1A檢測；
? 重復性高：IP富集重復性高，降低抗體富集偏差
? 應用范圍廣：廣泛應用于組織發育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥的發生與發展、藥物應答等研究領域。
技術路線：
RNA樣品→文庫構建→上機測序→數據分析
實驗策略：
材料選取 → RNA提取→RNA片段化→抗體富集→反轉錄得cDNA文庫→接頭連接
→PCR擴增→文庫制備→上機測序
圖：微量MeRIP-seq實驗流程
分析內容：
m1A-seq分析內容 | |
標準分析 | 質控及及評估： 1、 數據質控 2、 比對統計 3、 插入片段長度統計 4、 全基因組覆蓋度統計 5、 樣本飽和度曲線 |
m1A富集區域（peak）的鑒定及統計： 1、 m1A富集區域（peak）的鑒定與注釋 2、 m1A富集區域的基本統計 3、 m1A富集區域在染色體上的分布 4、 m1A富集區域在基因元件上的分布 5、 m1A富集區域關聯基因的功能富集分析 6、 m1A富集區域在基因元件上的分布密度 7、 m1A修飾區域的motif鑒定 8、 特定基因峰圖展示 | |
差異m1A修飾的鑒定及統計： 1、 組內樣本peak重疊情況分析 2、 組內樣本peak關聯基因的重疊情況分析 3、 差異m1A修飾的鑒定與注釋 4、 差異m1A修飾的基本統計 5、 差異m1A修飾在染色體上的分布 6、 差異m1A修飾在基因元件上的分布 7、 差異m1A修飾關聯基因的富集分析 8、 差異m1A修飾在基因元件上的分布密度 9、 差異m1A修飾區域的motif鑒定 | |
表達水平分析： 1、 lncRNA鑒定 2、 circRNA鑒定 3、 基因表達水平分析 4、 基因表達水平密度分析 5、 基于表達譜的聚類分析 6、 基于表達譜的主成分分析 7、 基于表達譜的相關性分析 | |
差異表達基因鑒定及富集分析： 1、 差異表達基因鑒定 2、 差異基因功能富集分析 | |
差異m1A修飾及差異基因關聯分析 | |
注：個性化分析、多組學關聯分析請聯系對接銷售或技術支持 | |
送樣要求：
送樣要求 | 項目周期 |
? 樣本類型：去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA樣本 ? 樣本總量：≥10μg ? 樣本濃度：建議≥250 ng/μL ? 樣本完整度：RIN ≥ 7，Ratio 28S/18S ≥ 0.7；某些來源樣本（如體液樣本，昆蟲樣本，水生生物樣本等）無RIN和Ratio28S/18S要求 | 20個樣本以下標準流程的運轉周期約為36個工作日。遇到樣本數目較多時，項目周期需要與技術支持人員確定。 |
典型案例
真核生物mRNA中的m1A甲基化動態變化研究
The dynamic N1-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA
背景
m1A RNA甲基化發生在Watson-Crick區域，可能影響RNA堿基配對，還促進腺苷修飾在生理條件下帶正電荷，可能會顯著改變RNA結構和蛋白質-RNA互作。
方法
研究人員對人HeLa（宮頸腺癌），HepG2（肝細胞癌）和HEK293（胚胎腎）細胞系（ATCC）和原代小鼠胚胎成纖維細胞（MEF）（C57BL / 6，ATCC）進行基于抗體富集的RNA甲基化免疫沉淀測序（MeRIP-seq，m1A-seq），在轉錄組范圍定位m1A位點，并將其與Dimroth重排反應進行耦聯以獲得高分辨率m1A圖譜。
結果
m1A-seq結果表明m1A在剪接位點上游起始密碼子周圍富集：m1A傾向于修飾翻譯起始位點周圍一些更結構化的區域，可以對生理條件做出動態響應，并與蛋白質生成呈正相關。這些特異性特征在小鼠與人類細胞中高度保守，證明了m1A在促進mRNA甲基化翻譯中發揮作用。
圖：m1A-seq表明m1A與人轉錄組中的翻譯起始位點（TIS）相關
參考文獻：
① Dominissini D, et al. The dynamic N(1)-methyladenosine methylome in eukaryotic messenger RNA. Nature. 2016 Feb 25;530(7591):441-6. pii: nature16998.
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