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小量組織的蛋白質(zhì)組及磷酸化蛋白質(zhì)組定量分析

閱讀:971      發(fā)布時間:2017-3-28
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在這篇工作中,我們采用內(nèi)標摻入 SILAC 的定量方法對大鼠胰島進行了蛋白質(zhì)組以及磷酸化蛋白質(zhì)組的定量研究。通過對 SILAC 培養(yǎng)基的成分比例調(diào)整,我們優(yōu)化了 INS-1E 細胞的標記方法。胰島內(nèi)包含多種細胞類型,如α細胞,β細胞,δ細胞等,我們發(fā)現(xiàn)采用 INS-1E 細胞系(一種β細胞系)已經(jīng)可以較好的覆蓋胰島的全蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組。若關(guān)心胰島中的α細胞的話,則可以標記α細胞系來作為內(nèi)標摻入胰島。此外,我們還可以采用多種細胞系作為內(nèi)標,這種稱為“Super SILAC”的方法來完成對復(fù)雜組織蛋白質(zhì)的全覆蓋。

在磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)流程中,我們采用了自制的基于StageTip 的TiO2萃取小柱來靈活的實現(xiàn)小量樣品的磷酸化肽段富集。樣品量始終是磷酸化以及其他一些翻譯后修飾研究繞不過去的話題,一般來說只有增加樣品量,并采取適當(dāng)?shù)念A(yù)分級手段才能更深度的去覆蓋這些翻譯后修飾蛋白質(zhì)組。ThermoFisher 也提供了商業(yè)化的 IMAC 試劑盒(Cat # 88300),鑒于 IMAC 和 TiO2 對磷酸化肽段富集有著較好的互補性,這兩者聯(lián)用會對磷酸化蛋白質(zhì)組的深度覆蓋達到更好的效果。

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