染色質免疫共沉淀測序（ChIP-seq）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2023/3/3 16:55:29
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大家好，這里是專注表觀組學十余年的易基因。今天跟大家介紹一下易基因的產品：染色質免疫共沉淀測序 (ChIP-seq) 。
染色質免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP），是研究體內蛋白質與DNA相互作用的經典方法。將ChIP與高通量測序技術相結合的ChIP-Seq技術，可在全基因組范圍對特定蛋白的DNA結合位點進行高效而準確的篩選與鑒定，為研究的深入開展打下基礎。
DNA與蛋白質的相互作用與基因的轉錄、染色質的空間構型和構象密切相關。運用組蛋白特定修飾的特異性抗體或DNA結合蛋白或轉錄因子特異性抗體富集與其結合的DNA片段，并進行純化和文庫構建，然后進行高通量測序，通過將獲得的數據與參考基因組精確比對，研究人員可獲得全基因組范圍內某種修飾類型的特定組蛋白或轉錄因子與基因組DNA序列之間的關系，也可對多個樣品進行差異比較。
應用方向：
ChIP 用來在空間上和時間上不同蛋白沿基因或基因組定位
轉錄因子和輔因子結合作用
復制因子和 DNA 修復蛋白
組蛋白修飾和變異組蛋白
技術優勢：
物種范圍廣：細胞、動物組織、植物組織、細菌微生物多物種富集經驗；
微量建庫：只需5ng以上免疫沉淀后的DNA，即可展開測序分析；
方案靈活：根據不同的項目需求，選擇不同的組蛋白修飾特異性抗體。
技術路線：
實驗策略：
分析內容：
送樣要求：
經典案例：
項目文章
ChIP-seq揭示H3K27me3去甲基化酶在體細胞重編程調控轉錄機制
Huang Y,et al.JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nat Commun. 2020 Oct 8;11(1):5061.
背 景：
作為個體發育和干細胞分化中最重要的組蛋白修飾之一，H3K27me3標記發育分化基因并抑制其表達，在基因組水平H3K27me3的動態變化是發育和分化得以有序進行的重要基礎。體細胞重編程是發育和分化的逆向過程，H3K27me3勢必經歷逆向的時空變化。
方 法：
將小鼠飼養在病原體的環境中，12小時光照/黑暗循環，溫度保持22-24°C，相對濕度40–70%，吸入二氧化碳進行處理，提取樣本對體細胞重編程，進行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等測序分析。
結論：
作者通過對小鼠體細胞重編程過程中進行轉錄組和ChIP-seq等測序分析，揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3與KLF4在體細胞重編程中協同調控轉錄新機制。首先，JMJD3對重編程有2方面相反的作用；在機制上，JMJD3被KLF4特異性地招募至上皮和多能性基因位點，并輔助KLF4激活這些基因。進一步，作者還在多種其他KLF4介導的細胞命運轉變中驗證了JMJD3的這一作用模式。
圖：重編程過程中JMJD3與KLF4協同作用
參考文獻：
Huang Y,et al.JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nat Commun. 2020 Oct 8;11(1):5061.
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