易基因靶基因DNA羥甲基化測序（Target-ACE）——單堿基分辨率靶向DNA羥甲基化檢測，精準解碼表觀調控
新興的APOBEC-coupled epigenetic sequencing（ACE-seq）無需亞硫酸鹽處理，處理起始量低，可在單堿基分辨率條件下進行DNA羥甲基化（5hmC）檢測。易基因基于ACE-seq方法建立的靶基因羥甲基化高通量測序（Target-ACE）針對已有目標基因panel組合，運用自主研發的甲基化特異性多重PCR引物設計軟件，結合APOBEC酶處理與多重PCR擴增，實現靶基因區域5hmC的超高深度單堿基精準檢測。
Target-ACE技術優勢
APOBEC酶特異性處理：保留5hmC修飾位點，通過后續PCR擴增與測序，直接定位5hmC位點，無需亞硫酸鹽處理，避免DNA損傷。
多重PCR靶向富集：針對目標CpG區域設計特異性引物，通過多重PCR擴增，顯著提升數據深度與檢測靈敏度，尤其適用于低豐度樣本（如微量組織、單細胞）。
高精度數據分析：結合spike-in Control定量校準轉化效率，確保每個CpG位點的羥甲基化水平計算準確。
高通量與高性價比：單次實驗可檢測數十個靶區域，檢測費用顯著低于現有技術、快周期。
送樣要求 | 項目周期 |
? 總量： DNA≥50ng，組織樣本≥20mg，樣本濃度≥10ng/ul，全血樣本≥0.5ml，細胞樣本細胞數≥1x106 ? 樣本狀態：全血樣本應使用普通 EDTA 抗凝管，避免使用肝素抗凝管；細胞樣本應為活細胞凍存樣本 ? 純度：OD260/280=1.8-2.0 ? 樣本完整性： DNA無明顯降解與蛋白污染，根據凝膠電泳檢測膠圖判斷 ? 推薦數據量：1G raw data | 20個樣本以下標準流程的運轉周期約為36個工作日。遇到樣本數目較多時，項目周期需要與技術支持人員確定。 |
經典案例
產前不良環境暴露通過改變發育中大腦中的 DNA 羥甲基化導致自閉癥樣行為
期刊：Advanced Science 影響因子： IF 14.1
研究通過特定基因APOBEC-coupled epigenetic sequencing（Target-ACE）和RNA-seq多組學分析揭示了母體孕期1-NP暴露會通過改變發育大腦中與中間神經元遷移相關的DNA羥甲基化調控下游基因表達，進而介導子代出現自閉癥樣行為表型。此外，研究還表明補充α-酮戊二酸（α-KG，TET酶的輔因子），可以逆轉1-NP誘導的中間神經元遷移相關基因特定位點的低羥甲基化，緩解中間神經元遷移延遲并改善由1-NP引起的自閉癥樣行為。
圖1：妊娠1-NP暴露對胎兒前腦中間神經元遷移相關基因羥甲基化的影響
圖2：胎兒前腦中間神經元遷移相關基因富含5hmC的CpG位點的5hmC含量
參考文獻：
Zhao T, Huang CQ, Zhang YH, Zhu YY, Chen XX, Wang T, Shao J, Meng XH, Huang Y, Wang H, Wang HL, Wang B, Xu DX. Prenatal 1-Nitropyrene Exposure Causes Autism-Like Behavior Partially by Altering DNA Hydroxymethylation in Developing Brain. Adv Sci (Weinh). 2024 May 16:e2306294. doi: 10.1002/advs.202306294.
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